Divieto di pesca, navigazione, ancoraggio e immersione in Zona 1 tra Punta della Manza e punta del Trattoio.

Pesca professionale riservata ai soli residenti in Zona 2.

Pesca sportiva regolamentata dall’Ente Parco in Zona 2.

Durante il periodo di nidificazione del Gabbiano Corso, dal 1° maggio al 30 giugno,  sono interdetti l’accesso e la navigazione sottocosta nella zona meridionale dell’isola (Piana dello Zenobito, costa tra Punta delle Linguelle, Punta dello Zenobito, Scoglio del Gatto, Le Saline)  

L'Arcipelago Toscano è incluso nel Programma MAB (Man and Biosphere) dell'UNESCO

Date le particolari caratteristiche ambientali e paesaggistiche, il 70% di Capraia fa parte del Parco Nazionale dell’Arcipelago Toscano, mentre il mare ricade quasi per intero nell’Area Marina Protetta del PNAT ad esclusione di un corridoio di accesso al porto.

Tutta Capraia è classificata  come Sito di Interesse Comunitario, mentre la Zona di Protezione Speciale è estesa nella fascia costiera e nell’immediato entroterra tra Monte Penne, Punta dello Zenobito e Punta della Civetta.

L’isola è stata classificata come biotopo dal Consiglio Nazionale delle Ricerche (CNR, Programma di ricerca territoriale sulle aree naturali da proteggere, La carta dei biotopi, 1971).

L’area è stata censita dall’Ispettorato Regionale delle foreste della Toscana (Ministero Agricoltura e Foreste - Ispettorato regionale delle foreste per la Toscana, Elenco dei biotopi censiti in Toscana, 1971).

È stata censita dal Gruppo di Lavoro per i Parchi in Toscana quale comprensorio di notevole interesse floristico e vegetazionale meritevole di conservazione (Consiglio Regionale toscano, Commissione speciale per i problemi dell’ecologia, Relazione del Gruppo di lavoro per i parchi in Toscana, 1975).