L’isola di Capraia è la più occidentale delle isole dell’Arcipelago Toscano ed  è situata a circa 65 km sud-ovest di Livorno, 35 km dalla costa ovest dell’Elba e 31 km da Capo Corso (Corsica). L’isola, dalla forma ellittica con l’asse maggiore in direzione nord-est, è caratterizzata dalla presenza di rilievi che seguono un andamento nord-sud che  culminano nei 445 metri del monte Castello.

Le caratteristiche ambientali sono molto simili a quelle della Corsica e della Sardegna alle quali, secondo alcune teorie geologiche, l’isola era unita sino al Miocene superiore, quando se ne staccò per una frattura sul bordo orientale del vecchio zoccolo del massiccio Corso-Sardo, causata dallo sprofondamento del Paleo-Appennino ed  accompagnata da una attività vulcanica intensa seppure limitata nel tempo.

Dal punto di vista geologico l’isola, che emerse dal mare nel Terziario, è di formazione vulcanica, costituita da potenti colate di Andesite, cui si associano talora Tufi e Brecce. Nella Punta dello Zenobito la nascita del vulcano omonimo, dalla vita breve e non troppo attiva, originò formazioni di rocce basaltiche. La stupenda Cala Rossa e il promontorio sono una sezione del vulcano. I fenomeni erosivi causati dagli agenti atmosferici hanno intaccato soprattutto il versante occidentale, soggetto alle forti libecciate, con formazione di cavità sulle pareti rocciose. La costa, rocciosa ed inaccessibile, è caratterizzata dalla presenza di grotte e guglie modellate dal continuo moto delle onde e dalle violente mareggiate che hanno realizzato lo stesso arco naturale del Reciso.

La morfologia aspra dei rilievi, la ricchezza della vegetazione, la presenza di ambienti praticamente intatti di rilevante interesse scientifico e naturalistico, insieme alla scarsa antropizzazione derivante da fattori storici e, sino a pochi anni or sono, da particolari condizioni (la presenza della Colonia Penale) fanno dell’isola un insieme paesistico di eccezionale valore.

Capraia è di origine vulcanica, formata da rocce magmatiche di due vulcani, oggi sprofondati nel mare. L'isola  nasce dal mare 7/8 milioni di anni fa, i resti di quelle eruzioni sono ancora visibili a Cala Rossa.