L’isola di Capraia, che deve il nome alla presenza di capre selvatiche che un tempo vivevano sull’isola, fu abitata in epoca romana ed a questo periodo risalgono i resti di una domus presso il porto e numerosi reperti rinvenuti in località la Piana. In questa località sorge la chiesa di S. Stefano, probabilmente del IV secolo, costruita dai Cenobiti che abitarono l’isola in quegli anni. Distrutta dai Saraceni, fu riedificata nell’XI secolo dai Pisani.

Lo sviluppo urbanistico di Capraia dei secoli scorsi risponde soprattutto all’esigenza difensiva di questo avamposto della Repubblica Marinara di Genova per la frequenza delle incursioni saracene e piratesche, ed è oggi documentato dalle torri di avvistamento nei punti strategici dell’isola e dal forte San Giorgio sulla punta del Bricco, eretto dai Pisani nell’XI secolo e successivamente ampliato dai Genovesi nei primi anni del ‘400. Il paese è stato edificato sotto la fortificazione, con il lento ma progressivo abbandono degli abitati del Piano e del Porto. L’insediamento del Porto, importante e trafficato in epoca romana e rimasto sempre molto attivo sino a dopo il X secolo, con l’ evidente testimonianza della chiesa dell’Assunta , è stato successivamente per lungo tempo abbandonato come luogo abitato e usato solo per le operazioni di approdo, carico e scarico delle merci.

Il legame tra Capraia e Genova rimane fortissimo, nell’isola si parlava un dialetto ligure che viene oggi riscoperto, in un rapporto che supera tutte le vicissitudini storiche e che va ben oltre l’Unità d’Italia, tanto che solo nel 1926 l’isola passa dalla Liguria alla neonata provincia di Livorno ed alla Toscana.

Nel 1986 è stata abolita la Colonia penale, che ha svolto un ruolo importante nella conservazione dell’ambiente naturale. La chiusura dell’Istituto ha  tolto un vincolo fortemente lirnitativo della libertà di movimento e  di godimento dell’isola. Di quell’esperienza, che ha pesantemente condizionato la vita economica e sociale dell’isola, rimane un enorme patrimonio edilizio che si sta degradando e il cui utilizzo rappresenta un problema aperto per il futuro di Capraia.

La distanza dalla terraferma e la presenza di una Colonia penale dal 1873 hanno fatto sì che si conservasse un ambiente di alto pregio, anche se l’impatto antropico ha provocato la scomparsa delle originarie foreste di Lecci, sostituite da una macchia bassa con prevalenza di Corbezzolo.  Dal 1996, dopo che la popolazione si era fortemente opposta all’istituzione del Parco Nazionale dell’Arcipelago Toscano,  si è aperta una fase in cui il Parco dovrà garantire il rispetto della natura, ma anche un turismo che riesca a far dimenticare all’isola la vecchia economia basata sul carcere.