Il 53% del territorio è sottoposto ai vincoli del Parco Nazionale dell’Arcipelago Toscano dove è vietato: cacciare, disturbare gli animali, raccogliere fiori e danneggiare piante, accendere fuochi all’aperto, fare motocross sui sentieri, raccogliere minerali, abbandonare rifiuti, fare campeggio libero.

Nell’area marina di tutela biologica  “Le Ghiaie - Scoglietto – Capo Bianco” è vietata la pesca.  

L'Arcipelago Toscano è incluso nel Programma MAB (Man and Biosphere) dell'UNESCO

Dal 1996 il 53% del territorio elbano fa parte del Parco Nazionale dell’Arcipelago Toscano; il massiccio del Monte Capanne e il promontori dell’Enfola costituiscono un Sito di Interesse Comunitario; le zone umide di Schiopparello / Mola e i crinali di Monte Capannello/Cima del Monte costituiscono due Siti di Interesse Regionale; il tratto di mare tra Le Ghiaie, lo  Scoglietto e Capo Bianco dal 1971  è un’area di tutela biologica; le miniere di Rio Marina, Monte Giove e Rio Albano,  di Calamita e Ginevro fanno parte del Parco minerario e mineralogico dell’isola d’Elba.

L’Isola d’Elba per i suoi fondali e le sue scogliere è stata classificata come biotopo dal Consiglio Nazionale delle Ricerche (CNR, Programma di ricerca territoriale sulle aree naturali da proteggere. La carta dei biotopi, 1971).

L’area della valle della Nivera, nel comune di Marciana, è stata censita dalla Società botanica italiana (SBI, Censimento dei biotopi di rilevante interesse vegetazionale meritevoli di conservazione in Italia, vol. 2, 1979).

Il mare dell’Elba è inserito tra le Aree di Reperimento (Arcipelago Toscano) per l’istituzione di una riserva marina; il Comune di Capoliveri ha proposto l’istituzione di una riserva marina davanti alle sue coste, sulla base di un ordine del giorno approvato dal Senato che impegna il Governo a proteggere il mare elbano.

L’isola d’Elba è stata censita dall’Ispettorato Regionale delle foreste per la Toscana (Ministero Agricoltura e Foreste - Ispettorato regionale delle foreste per la Toscana, Elenco dei biotopi censiti in Toscana, 1971). Le aree del Monte Capanne, di Monte Castello e del promontorio di Monte Calamita sono state segnalate dal Gruppo di lavoro per i Parchi in Toscana quali comprensori di notevole interesse paesistico e vegetazionale meritevoli di conservazione (Consiglio regionale toscano - Commissione speciale per i problemi dell’ecologia, Relazione del Gruppo di lavoro per i parchi in Toscana, 1975)

Nell’Isola ricadono 39 aree censite nell’inventano del Patrimonio minerario e mineralogico in Toscana, edito dal Dipartimento ambiente nel 1991.