Divieto di pesca, navigazione, ancoraggio e immersione nelle Zone 1 tra Punta San Francesco e Punta Secca e tra Punta del Calettino e la costa sud-occidentale. 

Pesca regolamentata dall’Ente Parco in Zona 2

L'Arcipelago Toscano è incluso nel Programma MAB (Man and Biosphere) dell'UNESCO

L’intera isola e gran parte del suo mare sono inseriti all’interno del Parco Nazionale dell’Arcipelago Toscano.

Giannutri è una Zona di Protezione Speciale, un Sito di Interesse Comunitario ed un Sito di Interesse Regionale ed è compreso nelle misure di Rete Natura 2000 dell’Unione Europea.

L’area dell’isola dl Giannutri  è stata censita dal Gruppo di lavoro per i Parchi in Toscana quale comprensorio di notevole interesse floristico e vegetazionale meritevole di conservazione (Consiglio Regionale toscano - Commissione speciale per i problemi dell’ecologia, Relazione del Gruppo di lavoro per i parchi in Toscana, 1975) e dall’Ispettorato Regionale delle foreste per la Toscana (Ministero Agricoltura e Foreste - Ispettorato regionale delle foreste per la Toscana, Elenco dei biotopi censiti in Toscana, 1971). Inoltre è stata classificata come biotopo dal Consiglio Nazionale delle Ricerche (CNR, Programma di ricerca territoriale sulle aree naturali da proteggere. La carta dei biotopi, 1971).

Nell’area ricade una zona censita nell’inventario del Patrimonio minerario e mineralogico in Toscana, edito dal Dipartimento ambiente nel 1991 (scheda n. 159).