La vegetazione è formata in prevalenza da macchia mediterranea, a nord dell’isola il Leccio riesce a formare alcuni boschetti.

Nei  piccoli valloni interni sono presenti macchie di Mirti e Lentischi. Di grande interesse la presenza del Ginepro fenicio  e dell’Euphorbia arborea, insieme a Ginepri comuni e ad Olivastri.

A Punta dello Spalmatoio si trovano basse garighe a Elicriso,

 Di notevole interesse la vegetazione rupestre della costa.

I resti di vigneti, oliveti ed orti, sono spesso ciò che rimane delle coltivazioni del capitano Adami, che dal 1880 al 1920 visse praticamente in solitudine a Giannutri.

 La fauna è presente con i Conigli selvatici e numerose specie di uccelli di passo e stanziali: Beccacce, Rigogoli, Upupe, Gruccioni, il Rondone pallido, il Gabbiano corso, le Berte maggiori e minori, il Marangone dal ciuffo.

Sulle rocce è facile avvistare il Falco pellegrino e il Passero solitario e talvolta la rarissima Aquila del Bonelli. E’ presente tutto l’anno una folta colonia di Gabbiani reali.

Ricchissima la fauna marina, con la presenza di quasi tutte le specie del Mare Tirreno: Barracuda, Ricciole, Dentici, Cernie. Le pareti sottomarine sono letteralmente ricoperte di Alghe, Spugne, Madrepore, Gorgonie.

Tra le praterie di Posidonia vivono le grandi Nacchere ( Pinna Nobilis),   Cavallucci marini, Pesci ago,  Tritoni e Cipree, Aragoste, Astici e Magnose. Più al largo non è raro incontrare i Delfini e le Balenottere.