Il Parco Nazionale dell’Arcipelago Toscano si estende sul 40% del territorio nella zona sud occidentale, dove è vietato: cacciare, disturbare gli animali, raccogliere fiori e danneggiare piante, accendere fuochi all’aperto, fare motocross sui sentieri, raccogliere minerali, abbandonare rifiuti, fare campeggio libero.

L'Arcipelago Toscano è incluso nel Programma MAB (Man and Biosphere) dell'UNESCO

Il 40% dell’Isola del Giglio fa parte del Parco Nazionale dell’Arcipelago Toscano.

L’intera isola è un Sito di Interesse Comunitario ed un Sito di Interesse Regionale ed è compresa nelle misure di Rete Natura 2000 dell’Unione Europea.

Il mare del Giglio è inserito tra le aree di reperimento (Arcipelago Toscano) per l’istituzione di una Riserva marina.

I terrazzamenti dell’Isola sono inseriti dall’UNESCO nel patrimonio dell’Umanità.

L’isola del Giglio è stata censita dal Gruppo di lavoro per i Parchi in Toscana quale comprensorio di notevole interesse floristico e vegetazionale meritevole di conservazione (Consiglio Regionale toscano - Commissione speciale per i problemi dell’ecologia, Relazione del Gruppo di lavoro per i parchi in Toscana, 1975) e dall’Ispettorato Regionale delle foreste per la Toscana (Ministero Agricoltura e Foreste- Ispettorato regionale delle foreste per la Toscana, Elenco dei biotopi censiti in Toscana, 1971).

Inoltre è stata classificata come biotopo dal Consiglio Nazionale delle Ricerche (CNR, Programma di ricerca territoriale sulle aree naturali da proteggere. La carta dei biotopi, 1971).

Nell’area ricade una zona censita nell’inventario del Patrimonio minerario e mineralogico in Toscana, edito dal Dipartimento ambiente nel 1991 (scheda n. 156).