L’isola del Giglio, Igilion ( capra) per i Greci da cui l’Aegilium romana, fu abitata già nella preistoria, visse la civiltà etrusca  e poi  in epoca romana appartenne (come Giannutri) alla famiglia dei Domizi Enobarbi , che vi costruirono una grande villa, di cui rimangono i ruderi con resti del vivaio in località Bagno del Saraceno.

La storia del Giglio si confonde con quella dell’Arcipelago, fatta di incursioni saracene, saccheggi ed incendi, grandi battaglie navali e leggendarie presenze di monaci ed eremiti . Nel 1241 le acque di Giglio furono teatro di una sanguinosa battaglia combattuta tra le armate navali di Federico II di Svevia e di Papa Gregorio IX.

Nel Medio Evo Carlo Magno assegnò l’isola all’Abbazia delle Tre Fontane di Roma, da questa passò poi agli Aldobrandeschi e alla Repubblica di Pisa.

Giglio appartenne dal 1539 ai Medici e poi al Granducato di Toscana; di questa epoca rimangono i resti del Lazzeretto (XVII secolo), le torri del Porto (XVI secolo) e di Campese (XVII secolo) e la grande cisterna settecentesca costruita per attenuare la mancanza d’acqua e la cronica sete dell’isola.

Di grande suggestione e ben conservato è il paese fortificato di Giglio Castello, il centro principale dell’isola, che sorge su una altura. L’impianto urbanistico si deve ai Pisani, il centro  si presenta racchiuso da una alta cerchia muraria con dieci torri  tra cilindriche e rettangolari.  Giglio Castello è un susseguirsi di archi pittoreschi, detti “balzaioli”,   di scale esterne di accesso alle case in pietra, vie strette, scalinate.

Gli altri insediamenti dell’isola si sono sviluppati soprattutto con l’arrivo del turismo. Sul versante est si trovano Giglio Porto e le aree turistiche limitrofe; Campese si snoda  lungo l’omonima spiaggia del versante occidentale.

Negli anni ’90 al Giglio si era sviluppato un forte movimento contrario all’istituzione del Parco Nazionale dell’Arcipelago Toscano, culminato anche in manifestazioni di protesta di piazza.