Montecristo è una Riserva Integrale dello Stato, è vietata qualsiasi attività non autorizzata dal Corpo Forestale dello Stato. 

Nell’Area Marina protetta (zona 1) sono vietate la pesca, la navigazione, le immersioni subacquee, la balneazione.

L'Arcipelago Toscano è incluso nel Programma MAB (Man and Biosphere) dell'UNESCO

Montecristo fa parte del Parco Nazionale dell’Arcipelago Toscano che protegge anche il mare circostante; è Riserva naturale integrale e dichiarata Riserva naturale biogenetica dal Consiglio d’Europa; è un’ Area Diplomata dal Consiglio d’Europa dal 1988; Sito di Interesse Comunitario e Zona di Protezione Speciale dell’Unione Europea e inserita nelle aree comprese nella Rete Natura 2000.

L’isola di Montecristo è stata dichiarata Riserva naturale terrestre con decreto del Ministero Agricoltura e Foreste del 4.3.1971, inserita nella Rete europea delle riserve biogenetiche con D.M, 12.12.1977 e dichiarata Zona di tutela biologica marina con DM. 5.4. 1979 e DM. 1.9.1988.

L’intera isola è stata classificata come biotopo dal Consiglio Nazionale delle Ricerche (CNR, Programma di ricerca territoriale sulle aree naturali da proteggere. La carta dei biotopi, 1971); è stata inoltre censita dalla Società botanica italiana (SEI, Censimento dei biotopi di rilevante interesse vegetazionale meritevoli di conservazione in Italia, voI. 1, 1970), dall’Ispettorato Regionale delle foreste per la Toscana (Ministero Agricoltura e Foreste - Ispettorato regionale delle foreste per la Toscana, Elenco dei biotopi censiti in Toscana, 1971) e dal Gruppo di lavoro per i Parchi in Toscana quale comprensorio di notevole interesse floristico e vegetazionale meritevole di conservazione (Consiglio Regionale toscano - Commissione speciale per i problemi del l’ecologia, Relazione del Gruppo di lavoro per i parchi in Toscana, 1975).

Nell’area ricade una zona censita nell’inventario del Patrimonio minerario e mineralogico in Toscana, edito dal Dipartimento ambiente nel 1991 (scheda n. 183)