Tra gli anfibi è da segnalare il discoglosso sardo  che vive solo nelle isole Hières (Francia), in Corsica, in Sardegna, a Montecristo, al Giglio e all’Argentario. Un anfibio vorace che vive al riparo vicino alle pozze d’acqua.

La rara raganella tirrenica  è simile alla raganella comune , anch’essa presente nell’Arcipelago, ma si differenzia per la striscia nera sui fianchi poco sviluppata e per le macchie brune sul dorso, vive solo all’Elba e Capraia ed in Corsica e Sardegna.

Tra gli anfibi sono inoltre presenti: il Rospo comune, molto diffuso all'Elba; il Rospo smeraldino, solo pochi esemplari all'Elba; all'Elba è diffusa anche la Rana appenninica.

Gli anfibi hanno uno stadio larvale durante il quale  conducono vita esclusivamente acquatica, la tutela di piccoli stagni, pozze e ruscelli rappresenta quindi una condizione  indispensabile per permettere a questi delicati e rari animali di continuare a vivere in isole che spesso rappresentano un ambiente difficilissimo per gli anfibi, tanto che nell'Arcipelago non è presente nessuna specie di Tritone e Salamandre, animali molto più legati ad una costante presenza d'acqua.