Tra i sauri, importante è la presenza del tarantolino tirrenico, che vive al riparo della macchia mediterranea; anche il tarantolino, come il discoglosso, è un relitto della fauna a clima caldo del Terziario che occupava tutto il Tirreno occidentale. Nelle isole sono diffusi il geco comune  e il geco verrucoso.

Molte le sottospecie di lucertole, anche endemiche: Podarcis muralis colosii, all’Elba, Palmaiola e isolotti minori; P. muralis insulanica, a Pianosa; P. muralis muellerlorenzi, la cosiddetta lucertola azzura dell’isolotto della Scola a Pianosa; P. muralis vinciguerrai, di Gorgona; P. sicula calabresiae, di Montecristo, P. sicula campestris, dell’Elba; P. sicula caporiaccoi, di Capraia; P. sicula cerbolensis, di Cerboli. P. sicula tyrrhenica, del Giglio e di Giannutri. Va detto che non tutti gli studiosi riconoscono queste sottospecie, alcuni le riducono a solo due ed a diversi ecotipi. Nell’Arcipelago sono presenti anche il ramarro occidentale  e la luscengola che viene chiamata “luciola” e scambiata per un piccolo serpente