La Foca monaca è a fortissimo rischio di estinzione in tutto il suo areale di distribuzione; in Italia sembra  estinta almeno  dagli anni Ottanta. In tutto il Mediterraneo sembrano sopravvivere  200-300 individui, ma questo sconsolante dato potrebbe essere addirittura sovrastimato.

la popolazione mondiale di Foca monaca sembra essere ridotta ad un massimo di  500 individui

Nel nostro Paese la Foca monaca è protetta da molto tempo, ma questo non l'ha salvata dai pescatori hanno continuato a uccidere le foche illegalmente per i danni che questi pinnipedi fanno alle reti da pesca e perchè le ritengono un pericoloso concorrente nella cattura dei pesci. Ma l'uomo è anche una potente causa di disturbo per la riproduzione delle Foche monache che hanno visto fortemente ridursi il loro habitat costiero: porti, villaggi turistici, navigazione sotto costa hanno determinato la  scomparsa di tratti di costa isolata, rendendoli praticamente inaccessibili ad un animale timido ed  elusivo, molto   sensibile al minimo disturbo antropico.

Proprio la persecuzione da parte dell’uomo è stata una delle cause principali della repentina diminuzione della specie. Un'altra dei pericoli per la sopravvivenza delle Foche viene dall’accumulo di inquinanti nei tessuti; la concentrazione di sostanze nocive è  particolarmente elevata a causa della dieta carnivora (Pesci, Molluschi e Crostacei).