Per lungo tempo è stata esercitata la pesca dei delfini per farne il Mosciame o Musciame, una specie di salume di  filetto cetaceo che ancora oggi viene venduto a prezzi proibitivi da bracconieri e ristoratori senza scrupoli. I cetacei venivano anche uccisi perché considerati nocivi per la pesca oppure finivano intrappolati nelle reti e morivano affogati. Questi mammiferi marini sono anche molto sensibili all'inquinamento da petrolio e, essendo al culmine della catena alimentare, risentono fortemente della contaminazione degli altri organismi marini. Ma un grave pericolo viene anche dalle collisioni con navi, da forti rumori prodotti da imbarcazioni  e dal disturbo umano provocato dal whale watching (osservazione cetacei) non regolamentato.

La tutela di queste specie iniziò nel 1991 con due Decreti del Ministero della Marina Mercantile che istituirono una zona di tutela biologica ed il divieto di utilizzo delle reti derivanti nel tratto di mare compreso tra Punta Mesco (confine est ligure), Capo d'Antibes e Capo Corso; sempre nel 1991  l'Istituto Tethys presentò nel Principato di Monaco il "Progetto Pelagos", la proposta di istituzione di un'area marina protetta nella zona.

Nel 1993, Italia, Francia e Principato di Monaco firmarono a Bruxelles una Dichiarazione congiunta finalizzata all'istituzione di un Santuario mediterraneo per i mammiferi marini.

La Legge n. 426 del 1998 ha impegnato il Ministero dell'ambiente italiano ad avviare l'istituzione dell'area marina protetta "Santuario dei Cetacei" e a prendere  iniziative per estenderla alle acque territoriali dei Paesi confinanti ed alle acque internazionali: nel 1999, Italia, Francia e Principato di Monaco  hanno firmato l'accordo per istituire il Santuario, quell’accordo è stato finalmente ratificato e reso esecutivo con Legge n. 391 del 2001.

I tre Paesi firmatari si impegnano a tutelare i mammiferi marini di ogni specie e i loro habitat.

Per questo Italia, Francia e Monaco hanno adottato le seguenti misure:

intensificazione dell'attività contro ogni inquinamento dannoso per i mammiferi marini e sui loro habitat;

Eliminazione progressiva degli scarichi tossici sulla costa;

divieto di cattura  e disturbo dei mammiferi marini; 

regolamentazione o divieto di competizioni a motore;

adeguamento alla normativa comunitaria in materia di pesca;

regolamentazione delle attività turistiche di whale-watching .

Impegno a favorire programmi di ricerca scientifica e campagne di sensibilizzazione per la prevenzione delle collisioni tra navi e mammiferi marini e la segnalazione di cetacei in difficoltà.

Infine, sul piano internazionale, i Paesi contraenti si impegnano a chiedere l'iscrizione del santuario nella lista ASPIM e ad invitare altri Stati ad adottare nelle aree marine  misure di protezione simili, comunicando il loro accordo a livello internazionale.