Nell'Arcipelago sono segnalate circa 100 specie di Molluschi, particolarmente interessanti sono:

Oxychilus oglasicola, endemico di Montecristo e dello scoglio della Scola a Pianosa;

Oxychilus pilula, endemico di Capraia;

Oxychilus majori a Giannutri, Ciliellopsis oglasae, endemico di Montecristo;

il Gasteropode stigobio Islamia gaiteri endemico delle acque freatiche dell'Elba;  a Capraia sono presenti: Lehmania Caprai,  Helicodiscus riparbellii, Thacheocampylaea elata;  Thacheocampylaea tacheoides, una chiocciola a rischio di estinzione.

Chiocciola di Capraia