Tra i Mammiferi terrestri, l’Arcipelago Toscano  annovera tre specie di  Insettivori:  il Riccio, presente all’Elba e segnalato di recente a Pianosa, e due micromammiferi: la Crocidura minore all’Elba e Capraia e probabilmente la Crocidura rossiccia all'Elba.

Fra i Roditori è da segnalare il Ghiro,  che nell’Arcipelago vive solo all’Elba.

Ma altri roditori, in particolare i ratti, sono aumentati grazie alla presenza dell'uomo . La predazione di uova e nidiacei da parte di queste specie è particolarmente dannosa per il Gabbiano corso, le Berte ed altri uccelli a rischio di estinzione, tanto che il Parco ha avviato programmi di derattizzazione nelle isole minori e negli isolotti (Life Capraia).

Nell'Arcipelago sono anche presenti il Topo selvatico, il Topolino domestico, il Ratto nero, il Ratto delle chiaviche o Surmolotto.    

All'Elba è stato segnalato anche l'Istrice, introdotto di recente in un numero ridottissimo di esemplari, mentre al Giglio, nel 1997, è stata segnalata la probabile presenza dello Scoiattolo, che però potrebbe  essere frutto di un recente ed isolato rilascio.

Il Coniglio selvatico è molto numeroso a Capraia ed al Giglio,  è presente a Giannutri e Gorgona, mentre sembra scomparso dall’Elba. La sottospecie della Lepre italica endemica dell'Elba si è estinta a causa dell'immissione indiscriminata da parte dei cacciatori di esemplari di Lepre europea di origine centroeuropea, che è stata importata  solo all'Elba e a Pianosa.

L’unico carnivoro dell’Arcipelago Toscano è la rara Martora,   ben presente all’Elba, con individui caratterizzati da una colorazione della pelliccia più scura di quelle continentali, che potrebbe far pensare ad una sottospecie endemica. E’ un piccolo e velocissimo carnivoro, che si muove di  notte e non teme di assalire prede molto più grosse di lei. La Martora ha il pollice opponibile e fa spesso la tana sugli alberi utilizzando anche i nidi degli uccelli

I grandi Mammiferi sono rappresentati solo dagli Ungulati, tutti importati nelle isole dall'uomo: il Cinghiale negli anni ‘60 a scopo venatorio; il Muflone negli anni ‘70 a scopo "ornamentale" e la Capra di Montecristo per ripopolare l'isola di Montecristo che era stata trasformata in riserva di caccia dei Re d'Italia . In diversa maniera il Cinghiale (Elba), il Muflone (Elba, Capraia, Giglio), la Capra selvatica (Montecristo) stanno creando problemi alla vegetazione delle isole, il Cinghiale ha anche un fortissimo impatto sulla piccola fauna dell'isola d'Elba e danneggia l'agricoltura. 

La Foca monaca, un raro pinnipede che viveva fino agli anni '60 in alcune isole dell'Arcipelago (sono molte le cale che si chiamano del Bue o Bove o Vacca marini, come veniva chiamata la Foca) e ne frequentava i mari, quasi certamente non si riproduce più nelle isole toscane. Però vengono sporadicamente avvistati alcuni esemplari, probabilmente giovani erratici. La Foca monaca viene trattata in una pagina a parte di questo Sito.