I Pipistrelli (Chirotteri) rappresentano oltre un terzo delle specie dei mammiferi dell’Arcipelago. Tutte queste specie sono delicatissime e fondamentali per l'equilibrio biologico e la biodiversità, ma spesso sono state perseguitate senza nessun motivo per ignoranza e superstizione. E’ invece  importantissimo mantenere intatti gli ambienti che ospitano i pipistrelli, preservando le piccole grotte, i ruderi isolati e i boschi dell'Arcipelago, ma anche creando "bat-box",  rifugi artificiali per consentire il riposo diurno e la riproduzione di questi importanti ed utili mammiferi alati.