I grandi mammiferi sono rappresentati solo dagli ungulati, tutti importati nelle isole dall'Uomo: il cinghiale negli anni 60 a scopo venatorio; il Muflone negli anni 70 a scopo "ornamentale" e la Capra di Montecristo per ripopolare l'isola di Montecristo che era stata trasformata in riserva di caccia dei Re d'Italia . In diversa maniera il Cinghiale (Elba), il Muflone (Elba, Capraia, Giglio), la Capra selvatica (Montecristo) stanno creando problemi alla vegetazione delle isole, il Cinghiale ha anche un fortissimo impatto sulla piccola fauna dell'isola d'Elba e danneggia l'agricoltura.