Molto comuni nel plancton, si distinguono per la presenza di uno o più flagelli (piccole fruste che servono da propulsori). Alcuni hanno clorofilla e la loro classificazione era dubbia. 

Attualmente vengono classificati come Protisti ed alcuni sono classificati come Protozoi, altri come Protofiti. I Flagellati Protofiti vengono chiamati  Dinoflagellati (da "deinos", spaventoso).

I flagellati più noti sono le Nottiluche che, con il buio, illuminano l'acqua sotto la prua e nella scia delle navi; reagiscono infatti con la bioluminescenza agli stimoli meccanici.