La depurazione delle acque è ancora scarsa nell'intero Arcipelago.

Ci si affida soprattutto ad un sistema rozzo ma finora efficace: le condotte sottomarine di scarico che  trasportano i reflui (spesso ma non sempre) ad almeno 400 metri dalla costa e ad una profondità di almeno 26 metri, così come previsto dalla normativa regionale.

Le condotte sono 13 all'Elba (Portoferraio, Porto Azzurro, Rio Marina, Cavo, Marciana Marina, Sant'Andrea, Procchio, Pomonte, Naregno, Lido, Lacona-Margidore, Marina di Campo, Fetovaia, Seccheto-Cavoli), una a Capraia e due al Giglio.

Alcuni paesi e frazioni hanno anche impianti di depurazione (Marina di Campo, Bonalaccia, Capoliveri, Lacona-Margidore, Marciana, Poggio, Chiessi, Rio Marina, Rio nell'Elba, Bagnaia, Porto Azzurro, Portoferraio-Schiopparello) che purtroppo sono spesso sottodimensionati per il periodo estivo ed hanno frequenti problemi di funzionamento.

Una indagine dei Carabinieri del Nucleo Ecologico riscontrò nel 2000 situazioni fuori norma nel 70% dei depuratori dell'Arcipelago Toscano.

Nonostante questa situazione abbastanza preoccupante, L'ARPAT (agenzia Regionale Protezione Ambiente Toscana) che compie analisi su 67 stazioni di prelievo all'Isola d'Elba, ed oltre 540 controlli periodici nella stagione estiva, ha rilevato solo pochissimi e sporadici risultati fori norma.

Anche Goletta Verde valuta ogni anno la salute del mare dell'Arcipelago che risulta ancora molto buona ma che presenta sintomi di lieve allarme dovuto soprattutto agli scarichi abusivi di sentine di barche da diporto ancorate davanti alle zone di balneazione.

Questo è dovuto alla forte profondità sottocosta, alle correnti sottomarine ed alla capacità autodepurativa di un mare dove, comunque, non vengono scaricati reflui industriali o derivanti da un'agricoltura intensiva.

Un mare in salute con un rischio: il cambiamento climatico che sta abbassando il termoclino (il "cuscinetto" di acqua più calda che di solito nel Mediterraneo raggiunge i 14 metri di profondità) che fa da barriera naturale alla risalita dei liquami. Nel 2003 l'acqua calda superficiale si è spinta fino a profondità ben oltre i 20 metri, permettendo in alcuni casi  la risalita dei reflui fino in superficie.

Dopo una campagna di Legambiente Arcipelago Toscano durata molti anni, fatta di denunce e Dossier , un finanziamento del Ministero dell'ambiente ha permesso di risanare le condotte di scarico sottomarine vecchie e danneggiate, ma quello che occorre davvero all'Arcipelago è mettere finalmente mano alla realizzazione di efficienti impianti di depurazione, al riutilizzo delle acque, al rifacimento dell'intera rete degli scarichi dividendo le acque bianche e nere, alla realizzazione di impianti di fitodepurazione.